临床上测定ALP主要用于骨骼、肝胆系统疾病的诊断和鉴别诊断，尤其是黄疸的鉴别诊断。
肝胆疾病包括肝外胆道的阻塞、肝癌、肝硬化、毛细胆管性肝炎、原发性胆汁性胆管炎、原发性硬化性胆管炎等。骨骼系统疾病有佝偻病、软骨病、骨恶性肿瘤、恶性肿瘤骨转移等。此外其他疾病，如甲状旁腺机能亢进等，也可以导致碱性磷酸酶升高。碱性磷酸酶广泛分布于人体的肝脏、骨骼、肠、肾和胎盘等组织。根据其产生器官的不同，可以分为六种同工酶，第一、二、六种来自肝脏，第三、四及五种分别产生于骨细胞、胎盘及癌细胞以及小肠绒毛上皮与成纤维细胞。对于不明原因的高ALP血清水平，可测定同工酶以鉴别其器官来源，碱性磷酸酶的水平受性别及年龄的影响，女性1-12岁小于500U/L，大于15岁40U/L-15U/L，男性1-12岁小于500U/L，12-15岁小于750U/L，大于15岁40-150U/L。儿童在生理性的骨骼发育期处于生长期的青少年，孕妇的碱性磷酸酶的水平，要高于正常人。